El SEAJAL desempeña un papel crucial en la prevención de la corrupción. Su objetivo es fortalecer el estado de derecho, la rendición de cuentas y la gobernanza para el desarrollo; así como establecer principios, políticas y procedimientos para la coordinación entre las autoridades estatales y municipales en la prevención, detección y sanción de faltas administrativas y hechos de corrupción, y en la fiscalización y control de los recursos públicos.